A kezelés optimális esetben japán szőnyegen (tatamin vagy futonon) történik, amely elég kényelmes a fekvéshez, viszont elég kemények ahhoz, hogy ne nyelje el a testre gyakorolt nyomást. A helyigény ennek megfelelően egy kb. 3×2,5 m-es terület egy, csendes, kellemes hőmérsékletű, megnyugtató hatású helységben. A gyógyuló könnyű, kényelmes ruhát visel a kezelés alatt, a fázósabbak zoknit, ill. melegebb felsőruhát is húzhatnak. Egy kezelés időtartama általában egy óra.
A shiatsu végzésekor van néhány dolog, amely kiemelten fontos a kezelést végző szempontjából:
- A gyógyásznak megnyugtató és kényelmes fizikai és mentális körülmények között kell foglalkoznia a gyógyulóval, annak kezei, lábai, válla, egész teste teljesen ellazult állapotban legyen.
- Nyomás helyett egyfajta áthatást kell megvalósítani, amik a tsubókon, vagyis a meridiánok pontjain történnek. Ha ez megvalósul, akkor a tapasztalat teljesen különbözni fog egy közönséges, ujjal végrehajtott nyomástól.
- Az áthatás alapvetően a testfelszínre merőlegesen történik, bár természetesen van néhány technika, ahol ez nem így van. (A shiatsuban ezért nem is használnak semmiféle olajat, nehogy a gyógyász egyensúlyát veszítse a technikák végrehajtása közben.)
- A kezelés során a gyógyász mindvégig fenntartja a kontaktust a kezelt személlyel, mindkét kezével: az egyik kéz passzívan támaszt, a másik kéz dolgozik (kivéve természetesen a kétkezes nyomástechnikákat). A terapeutának mindkét kezére egyformán figyelnie kell, nem feledkezhet meg a támasztó kezéről.
- Egy meridián kezelése mindig annak teljes hosszában történik, nem elszigetelt pontjainak nyomásával.
- A kezelés sikere a gyógyász elmélyültségétől is függ, amely lehetővé teszi a kezelés során kapott impulzusok integrálását.